1808

Książę Sapieha od 1808 roku należał do loży masońskiej Braci Polaków Zjednoczonych. Rok później w kwietniu został odznaczony Krzyżem Legii Honorowej. Z tego też powodu w latach 1809–1812 pałac w Pęcicach był siedzibą wolnomularzy. Paweł Sapieha posiadał drugi stopień wtajemniczenia: czeladnika i pełnił funkcję odźwiernego, to znaczy, że stał przed drzwiami i sprawdzał, czy goście przychodzący na spotkania loży są rzeczywiście wolnomularzami. Do Braci Polaków Zjednoczonych należał też rodzony brat Pawła Sapiehy, Mikołaj, który w 1808 roku po zmarłym ojcu odziedziczył majątek Krasiłów na Wołyniu. W Krasiłowie powstał bliźniaczy dwór pałacu w Pęcicach.

W 1815 roku Paweł Sapieha sprzedał włości pęcickie dawnej właścicielce Konstancji z Górskich Zaborowskiej. Według wielu źródeł powodem sprzedaży był fakt włączenia Braci Polaków Zjednoczonych do loży Wielki Wschód Polski. Spotykany jest też pogląd, że Paweł Sapieha w obliczu nieuchronnej zmiany władzy zdecydował się spieniężyć majątek, aby nie narażać się na stratę materialną związaną z ewentualną konfiskatą majątku.

W 1832 roku kolejnymi właścicielami Pęcic zostali Aniela i Leon Popławscy. Po paru następnych zmianach posesorów dobra pęcickie z przyległościami trafiły w ręce Marii Klementyny Popławskiej-Łuszczewskiej.

W 1871 roku Maria Klementyna i Jan Paweł Łuszczewscy, nie mając własnych dzieci, przygarnęli osieroconego Antoniego Eustachego Marylskiego, którego później adoptowali i który od tamtej chwili będzie nosił podwójne nazwisko Marylski-Łuszczewski. Gdy po latach Antoni został dziedzicem dóbr pęcickich, podjął decyzję o przebudowie pałacu.

Jesienią 1914 roku przez Pęcice przebiegała linia frontu. Z pisanych wspomnień Antoniego Marylskiego dowiadujemy się, że podczas nasilenia walk wraz z synem oraz licznymi mieszkańcami folwarku i wsi przez wiele dni ukrywał się w potężnych piwnicach pałacu. Podczas starć bojowych budynek został zbombardowany i częściowo spalony. Właściciele majątku przenieśli się do Warszawy. Po zakończeniu działań wojennych Antoni Marylski postanowił przywrócić Pęcicom dawną świetność.

W latach 1919–1922 pałac został odbudowany i przebudowany według projektu architekta Romualda Gutta. Największe zmiany dotyczyły wnętrz, które pozbawiono wielu elementów pierwotnego wystroju architektonicznego. Między innymi skuto część sztukaterii, wyrzucono część rozbitych pieców, całkowicie przebudowano kondygnację poddasza, gdzie wprowadzono nowe podziały pomieszczeń. Na zewnątrz zaś na murku wieńczącym ryzalit fasady pojawił się napis: „Jam Dwór Polski, co walczy mężnie i strzeże wiernie”.

Antoni Marylski po odbudowie pałacu coraz rzadziej przebywał w Pęcicach, pochłaniała go wówczas polityka i służba w odzyskującym wolność państwie. W tym czasie zaciągnął też kredyt pod zastaw posiadłości.

Po śmierci Antoniego Marylskiego w 1932 roku Pęcice nie były w dobrej kondycji. Do dziedziczenia po zmarłym miało prawo pięciu spadkobierców: czterech synów i druga żona Antoniego. Jeden z synów i żona zrzekli się spadku, kolejny syn został spłacony. W 1935 roku po Antonim Eustachym Marylskim zadłużony majątek dziedziczą jego dwaj synowie: Jan Paweł oraz Antoni Józef, współtwórca Ośrodka dla Niewidomych w podwarszawskich Laskach.

W kolejnych latach dobra pęcickie jeszcze bardziej podupadły. Wówczas m.in. zawalił się drewniany mostek prowadzący na wyspę pośrodku stawu, a drewniane molo nie nadawało się już do użytku.

Podczas drugiej wojny światowej majątek był zarządzany przez volksdeutschów. Przez cały czas na parterze pałacu stacjonowały wojska niemieckie. Rodzinie Marylskich wydzielono kilka pokoi na górze. W majątku 2 sierpnia 1944 roku doszło do starcia między powstańczym oddziałem AK z Ochoty a wojskami niemieckimi. Część powstańców zginęła w walce, a część dostała się do niewoli. Niemcy torturowali ich w piwnicach pałacu, a następnie zabijali. Pomnik Powstańców znajduje się w pęcickim parku.

Po objęciu władzy przez komunistów rodzina Marylskich została wyrzucona z Pęcic. W 1946 roku pałac wraz z przyległym parkiem na krótki okres został przeznaczony na oddział Szpitala dla Nerwowo i Psychicznie Chorych w Tworkach. W latach 1950–1955 przeprowadzono remont i adaptację budynku na potrzeby szpitala. W piwnicach urządzono m.in. łaźnię, kuchnię i kotłownię.

Kolejnym właścicielem majątku Pęcice został Urząd Miasta Stołecznego Warszawy. W latach 1967–1982 w pałacu mieścił się Ośrodek Doskonalenia Kadr Urzędu Miasta Warszawy.

W latach 90. XX wieku obiekt był wynajmowany prywatnym firmom, które organizowały na terenie pałacu bankiety, spotkania towarzyskie i konferencje.

W 2007 roku rodzina Marylskich po długich bataliach odzyskała swój majątek.  Obecnie jest on własnością prywatną, a właściciele udostępnili dwór i okalający go park Fundacji Dwór Polski, , prowadzącej działalność na rzecz kultury i ochrony dziedzictwa narodowego.